Diferenças entre edições de "Engenharia genética/Desenho dos primers"

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* Temos, então, toda a informação necessária para desenhar os ''primers'':
 
'''''Primer Forward''''': 5' - ATG TCT AAA GGT GAA GAA TTA TTC A - 3'
 
'''''Primer Reverse''''': 5'- - TTA TTT GTA CAA TTC ATC CAT ACC A - 3'
 
 
cadeia molde - '''5' - ATG TCT AAA GGT GAA GAA TTA TTC ACT ... CAT GGT ATG GAT GAA TTG TAC AAA TAA - 3''''
 
'''''Primer Reverse''''' ----------------------------------------------------------------------------- ''3' - A CCA TAC CTA CTT AAC ATG TTT ATT - 5'''
 
 
'''''Primer Forward''''' ---------------- ''5' - ATG TCT AAA GGT GAA GAA TTA TTC A - 3'''
 
cadeia molde complementar - '''3' - TAC AGA TTT CCA CTT CTT AAT AAG TGA ... GTA CCA TAC CTA CTT AAC ATG TTT ATT - 5''''
 
 
Queremos uma Tm 49-51C. Um programa denominado “Oligonucleotide properties calulator” pode calcular o Tm.
 
== Propriedades dos ''primers'' construídos para amplificar o gene GFP ==
http://www.unc.edu/~cail/biotool/oligo/index.html
 
Também podem utilizar a seguinte fórmula:
Tm = 4×(G+C)+2×(A+T)
 
* Pretende-se que os primers tenham uma T<sub>m</sub> (''melting temperature'') de 49-51 ºC.
Para o primer reverse, usar este site para obter o complemento reverso de uma sequência de DNA: Reverse Complement of Sequence.
 
Utilizando o programa [http://www.unc.edu/~cail/biotool/oligo/index.html Oligonucleotide properties calulator] pode calcular a T<sub>m</sub> automaticamente.
 
A sequência dos primers deve ser descrita no relatório final.
 
Também pode calculá-la manualmente, aplicando as seguintes fórmulas aritméticas:
* Para sequências '''inferiores''' a 14 nucleótidos:
Tm= (wA+xT) * 2 + (yG+zC) * 4
onde w,x,y,z são o número de bases A,T,G,C na sequência, respectivamente.
* Para sequências '''superiores''' a 13 nucleótidos:
Tm= 64.9 +41*(yG+zC-16.4)/(wA+xT+yG+zC)
'''Nota:'''
Ambas as equações assumem que o Emparelhamento ocorre nas condições padrão de 50 nM ''primer'', 50 mM Na<sup>+</sup> e pH 7.0.
 
Mais informação sobre desenho de primers.
 
 
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