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[[File:StCruzFort.jpg|thumb|Fortaleza de Santa Cruz]]
[[Ficheiro:Mai patio.jpg|thumb|Ruínas do Convento de Santa Teresa]]
A região atualmente ocupada por Niterói foijá era habitada, adesde partirépoca deainda 4000não a.C.,determinada com aproximadamenteexatidão, por povos coletores, caçadores e pescadores, falantes de línguas do tronco linguístico macro-jê, que deixaram, como marcas de sua passagem, grandes vestígios arqueológicos, os sambaquis. Sambaquis (do tupi ''tamba'', "concha" e ''ki'', "depósito", significando "depósito de conchas"<ref>http://www.historiamais.com/sambaquis.htm</ref>) são os restos de conchas, esqueletos humanos, cerâmica, machados, ossos de animais, peixes e pontas de pedra de flechas que foram soterrados e que passaram por um processo de fossilização. Tais testemunhos são muito comuns no litoral brasileiro e são extremamente valiosos para que os arqueólogos de hoje possam compreender como funcionavam essas sociedades pré-históricasantigas. Em Niterói, existe um grande sítio arqueológico de sambaquis ao lado da Duna Grande da Praia de Itaipu, na Região Oceânica. Bem perto deste sítio, se localiza o Museu de Arqueologia de Itaipu, que expõe os sambaquis que foram encontrados na região.
Por volta do ano 1000, no entanto, esses povos coletores foram expulsos para o interior do continente por tribos falantes de língua tupi provenientes da Amazônia.<ref>BUENO, E. ''Brasil: uma história''. 2ª edição. São Paulo. Ática. 2003. p. 19.</ref> OsNo primeirosséculo europeus16, quequando reconhecidamenteos passaramprimeiros pelaexploradores regiãoeuropeus foramchegaram osà portuguesesregião da expedição de reconhecimento liderada por Gonçalo Coelho e Américo Vespúcio, que, em 1º de janeiro de 1502, descobriram a Baía de Guanabara, batizando-a "Riomesma deera Janeiro".habitada Ospela índiostribo locaistupi dos tamoios, (também chamados tupinambás), que. falavam a língua tupi,Eles chamavam a região atualmente ocupada pela cidade do Rio de Janeiro de "Niterói"<ref>STADEN, H. ''Duas viagens ao Brasil: primeiros registros sobre o Brasil''. Tradução de Angel Bojadsen. Porto Alegre, RS. L&PM. 2010. p. 101.</ref>. Os primeiros europeus que reconhecidamente passaram pela região foram os portugueses da expedição de reconhecimento liderada por Gonçalo Coelho e Américo Vespúcio, que, em 1º de janeiro de 1502, descobriram a Baía de Guanabara, batizando-a "Rio de Janeiro". Como os portugueses não encontraram metais preciosos ou grandes impérios na região, a mesma não lhes interessou<ref>BUENO, E.''Capitães do Brasil''. Rio de Janeiro: Objetiva, 1999. p.66</ref>. Devido ao descaso dos portugueses, traficantes franceses de pau-brasil estreitaram os laços com os tamoios, gerando uma sólida aliança comercial entre os dois povos. Em meados do século XVI, a França decidiu implementar um projeto de colonização na região da Baía de Guanabara, intitulado França Antártica.
Em 1555, o navegador francês Nicolas Durand de Villegaignon chegou à Baía de Guanabara e se instalou na ilha denominada Serigipe pelos indígenas, no local atualmente ocupado pela Escola Naval, em frente ao Aeroporto Santos Dumont, no Centro do Rio de Janeiro. Ali, ele construiu o Forte Coligny, que seria arrasado em 1560 por uma expedição portuguesa liderada pelo governador-geral Mem de Sá. Ainda em 1555, foi construído, pelos franceses, um posto de observação na Praia de Fora, em Niterói, para vigiar a entrada da Baía de Guanabara<ref>http://wikimapia.org/489143/pt/Forte-Bar%C3%A3o-do-Rio-Branco</ref>. Porém os sobreviventes franceses, aliados aos índios tupinambás, permaneceram na região e somente seriam definitivamente expulsos pelos portugueses em 1567. Nesse mesmo ano, os portugueses instalaram uma guarnição de artilharia na Praia de Fora, em Niterói, no antigo posto de observação francesa da entrada da Baía de Guanabara<ref>http://wikimapia.org/489143/pt/Forte-Bar%C3%A3o-do-Rio-Branco</ref>.
Em toda esta luta contra os tamoios e os franceses, os portugueses contaram com a ajuda valiosíssima dos índios temiminós, que habitavam originalmente a atual Ilha do Governador, na Baía de Guanabara, mas que haviam sido expulsos de lá pelos tamoios eem franceses1555. Os temiminós, na ocasião, liderados por Maracajá-Guaçu, se transferiram para a Capitania do Espírito Santo<ref>http://www.caminhodearariboia.kit.net/cogitacoes.htm</ref>, onde se converteram ao catolicismo, foram catequizados pelos jesuítas, fundaram a cidade de Serra e ajudaram os portugueses a expulsar invasores neerlandeses. Com a invasão francesa, os portugueses recrutaram os temiminós para que eles os ajudassem a expulsar os franceses. Como recompensa pela ajuda, os portugueses ofereceram ao líder dos temiminós, Arariboia (nome tupi para a cobra conhecida na língua portuguesa como "araramboia".<ref>NAVARRO, E. A. ''Dicionário de tupi antigo: a língua indígena clássica do Brasil. São Paulo. Global. 2013. p. 60.</ref> Arariboia também possuía um nome cristão de batismo, Martim Afonso de Souza, e era filho do antigo chefe Maracajá-Guaçu), a porção direita da entrada da Baía de Guanabara, enquanto os portugueses ocupariam a sua porção esquerda, a atual cidade do Rio de Janeiro.
Tal forma de ocupação seria útil do ponto de vista estratégico para a defesa da baía. Arariboia aceitou e ocupou a região. Antes da ocupação da porção direita da entrada da Baía de Guanabara, os temiminós ainda ocuparam por algum tempo a região do atual bairro de São Cristóvão, no Rio de Janeiro. Em 1573, os temiminós se mudaram para a atual região de Niterói, que foi batizada, na ocasião, como São Lourenço dos Índios. Esse ano consta no atual brasão da cidade de Niterói. O Dicionário Aurélio relata que a região onde foi fundada a cidade era habitada, na época, pelos índios cariis<ref>FERREIRA, A. B. H. ''Novo dicionário da língua portuguesa''. Segunda edição. Rio de Janeiro: Nova Fronteira, 1986. p.353</ref>. Na mesma época, um francês chamado Martin Paris, que havia traído seus compatriotas e ajudado os portugueses, recebeu, do governo português, uma sesmaria na atual região de São Francisco, como recompensa<ref>http://flipagem.ofluminense.com.br/flip.asp?iidpublicacao=6&flargura=&ed=112010&pag=0&pc#</ref>.
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