Antes da chegada dos portugueses, o território actual da Guiné-Bissau era quase todo do reino de Gabu, tributário do império do Mali. Foi o português Nuno Tristão o primeiro navegador e explorador português que chegou à costa da actual Guiné-Bissau. A colonização começou em 1558, apenas em margens de rios e o litoral. A colonização do interior começou no século XIX.

Soldados do PAIGC hasteiam a bandeira da Guiné-Bissau após a independência, em 1974

A vila de Bissau foi fundada em 1697, como um entreposto de tráfico de escravos e uma fortificação militar. Tornar-se-ia capital colonial em 1691.

Em 1956, Amílcar Cabral funda o Partido Africano para a Independência da Guiné e Cabo Verde (PAIGC) que começou a sua luta armada pela independência a partir da década de 1960. Amílcar Cabral foi assassinado em 20 de janeiro de 1973 em Conacri por dois membros do próprio partido que acusavam Cabral de estar dominado pela elite cabo-verdiana. Em 24 de setembro de 1973, o PAIGC declarou a independência unilateralmente, sendo reconhecida por países africanos e comunistas. Mas Portugal só reconheceu a independência em 10 de setembro de 1974, após a Revolução dos Cravos.

A Guiné-Bissau passa por instabilidade política desde a sua independência, como o golpe de estado em 2012. Em 2014 houve as primeiras eleições após o golpe.