O interior do país é formado por savanas, enquanto o litoral há planícies pantanosas. Após o período chuvoso, há período de seca, com ventos quentes vindos do deserto do Saara. O país possui o arquipélago dos Bijagós em que há uma diversificada fauna, como crocodilos, macacos, lontras, aves pernaltas, hipopótamos e tartarugas marinhas.

Imagem de satélite da Guiné-Bissau

Os rios do país são o Geba, o rio Cacheu, o Buba, o Corubal, de Canjambari, etc. O clima do país é tipicamente tropical. 26,3% do território nacional são áreas protegidas.