Segundo a lenda, o hatha ioga foi criado pelo deus hindu Xiva numa ilha remota. No momento em que ele transmitia o hatha ioga para sua esposa, a deusa Parvati, um peixe o teria observado e aprendido a técnica, transmitindo-a, posteriormente, para os seres humanos.

Estátua de Xiva em Bangalore, na Índia

Existem evidências de que os primeiros rudimentos das posturas de ioga surgiram na civilização do Vale do Indo, no atual território paquistanês, por volta de 2000 a.C.

Porém a primeira forma organizada de ioga surgiu com o sábio Patanjali, que, por volta de 200 a.C., escreveu o clássico Ioga Sutra. O criador do hatha ioga (literalmente, "união do sol e da lua", traduzido do sânscrito) teria sido Swatmarama, um iogui (praticante de ioga) indiano do século XV. O hatha ioga difundiu-se amplamente no mundo com o interesse surgido pela cultura oriental a partir da década de 1960, no movimento da contracultura.

Grande parte das escolas atuais de hatha ioga derivam dos ensinamentos de Krishnamacharya, indiano que viveu no século XX. Famosos mestres atuais, como K. Pattabhi Jois, B.K.S. Iyengar, Indra Devi e o filho de Krishnamacharya, T.K.V. Desikachar, foram seus alunos. No Brasil, o hatha ioga popularizou-se a partir dos anos 1960, associado ao movimento hippie. Grandes professores de yoga desse período foram Caio Miranda, Hermógenes e De Rose.