Regex?

Tente o seguinte: vá na seção "Options", abra "Normal settings" e crie uma nova regra para localizar

^(=+)\s*\d+(?:\s*\.\s*\d+)?(?:\s*\.\s*\d+)?(?:\s*\.\s*\d+)?\s*(.*?)\s*\1\s*$

e substituir por

$1 $2 $1

Marque também as opções "Regex" e "MultiLine" da regra.

Mas é bom conferir cada edição, pois é comum ter que fazer ajustes no regex conforme percebemos situações imprevistas.

Quais são exatamente os links que quer remover?